石斛的果实为蒴果，在植物学上属于干果类中的裂果类，一般为长条形、梨形或者椭圆形，由2个或较多的心皮构成，内有数十万粒粉末状的种子，多者可达100万粒以上。果实成熟变黄开裂，种子随风飘扬，落在树干上或岩石上传种接代。石斛种子不仅小，而且没有胚乳，在自然条件下极难萌芽，只有与根菌共生才能发芽，萌芽率不到5%。在无菌的人工培养基上提供其萌发条件也能发芽，这是目前培育石斛种苗的重要方法。
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